COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 21.070402
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.958707
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 20.819744
2021-03-15 17:00:00 25.538642 25.538642 20.731262
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.602672
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 20.482474
2021-03-12 17:00:00 22.719496 22.719496 20.315638

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 16.733068 16.733068 16.426418
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 16.243571
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 16.053765
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 15.860142
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 15.794820
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 15.895670
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 15.925231

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 25.942029 25.942029 18.688051
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 18.240556
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 17.873417
2021-03-15 17:00:00 15.914489 15.914489 17.526915
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 17.245455
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 17.006804
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 16.813805

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.283490
2021-03-17 17:00:00 7.387141 10.259918 12.197743
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 11.933470
2021-03-15 17:00:00 12.971985 12.971985 11.486412
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 11.289261
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 11.096816
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 10.858710

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 17.268725
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 17.513320
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 17.720726
2021-03-15 17:00:00 25.372303 13.019569 17.857791
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 17.835803
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 17.968841
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 17.981236

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 42.300060
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 41.619870
2021-03-16 17:00:00 45.179975 45.179975 41.621883
2021-03-15 17:00:00 69.031311 69.031311 41.486245
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 41.212413
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 41.143529
2021-03-12 17:00:00 45.635910 45.635910 40.959452

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 22.049523
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 22.038323
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 22.030810
2021-03-15 17:00:00 25.945241 25.945241 22.061526
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 22.012863
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 21.936061
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.838056

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 7.961934
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 7.920684
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 7.874504
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.092395 7.744116
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.676495
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.577437
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.494908

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 12.263076
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 12.277553
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 12.182916
2021-03-15 17:00:00 18.701700 12.209966 12.005155
2021-03-14 17:00:00 15.696822 12.060868 12.063145
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 11.996827
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 12.001644

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 34.512746
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 34.501425
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 34.630336
2021-03-15 17:00:00 29.972565 29.972565 34.518939
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 34.414276
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 34.403845
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 34.247048

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 20.085663
2021-03-17 17:00:00 18.476149 23.594267 20.021437
2021-03-16 17:00:00 15.549677 15.549677 19.518924
2021-03-15 17:00:00 33.173461 11.438809 19.538649
2021-03-14 17:00:00 16.979052 16.979052 19.692963
2021-03-13 17:00:00 26.448030 26.448030 19.663304
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 19.772015

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 9.309834
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 9.347243
2021-03-16 17:00:00 3.564356 14.851485 9.225930
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.442529 9.186359
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 9.113382
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 9.025415
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 9.336387

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 59.408154
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 59.232651
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 60.366138
2021-03-15 17:00:00 22.413793 61.338290 60.761669
2021-03-14 17:00:00 52.551020 86.734694 58.983123
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 61.068655
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 61.478333

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 64.968836
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 65.041234
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 64.050918
2021-03-15 17:00:00 28.260870 69.565217 65.361894
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 65.122365
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 64.568957
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 64.175560

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 25.658611 25.658611 20.806657
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 20.761672
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 20.586144
2021-03-15 17:00:00 37.174563 17.638720 20.156317
2021-03-14 17:00:00 23.423148 15.858209 20.114632
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 19.959446
2021-03-12 17:00:00 28.531073 20.261056 20.046178

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 40.107879 32.113273 27.409681
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 27.150527
2021-03-16 17:00:00 18.383673 26.163265 26.837328
2021-03-15 17:00:00 24.791956 26.808874 27.296970
2021-03-14 17:00:00 58.254628 26.622928 27.787254
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 28.056802
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 28.243666

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 4.876888
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 4.774618
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.451289 4.737950
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.571429 4.653531
2021-03-14 17:00:00 6.406080 6.406080 4.628185
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.574405
2021-03-12 17:00:00 4.535730 4.535730 4.495489

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.415249
2021-03-17 17:00:00 13.344710 15.568385 13.404809
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.391279
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.322949
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.280574
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.238070
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.164787

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.367999 11.629663
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.492397
2021-03-16 17:00:00 13.289993 13.289993 11.397349
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.280754 11.278582
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 11.142431
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 11.006891
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.856390

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 22.781572
2021-03-17 17:00:00 33.997901 33.997901 23.025169
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 22.866213
2021-03-15 17:00:00 43.708609 7.300885 23.221104
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 23.521038
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 23.872550
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 24.406128

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 16.902984
2021-03-17 17:00:00 10.698690 16.019417 16.033608
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 15.315589
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 15.595330
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 14.572340
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 13.515386
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 13.117021

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 30.101149
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 30.130406
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 30.039543
2021-03-15 17:00:00 26.791972 30.216216 30.697674
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 30.918042
2021-03-13 17:00:00 35.537300 21.306479 31.001235
2021-03-12 17:00:00 34.810811 34.810811 31.304006

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 16.733068 16.733068 16.426418
Basilicata 25.942029 25.942029 18.688051
Calabria 13.439787 13.439787 12.283490
Campania 13.696014 13.696014 17.268725
Emilia-Romagna 39.553055 39.553055 42.300060
Friuli Venezia Giulia 24.338624 24.338624 22.049523
Lazio 9.064044 9.064044 7.961934
Liguria 11.452810 11.452810 12.263076
Lombardia 33.030800 33.030800 34.512746
Marche 23.475522 23.475522 20.085663
Molise 14.310954 14.310954 9.309834
P.A. Bolzano 53.054662 53.054662 59.408154
P.A. Trento 72.112676 72.112676 64.968836
Piemonte 25.658611 25.658611 20.806657
Puglia 40.107879 32.113273 27.409681
Sardegna 6.859410 6.859410 4.876888
Sicilia 13.402412 13.402412 13.415249
Toscana 13.200140 11.367999 11.629663
Umbria 20.462850 20.462850 22.781572
Valle d'Aosta 19.170984 19.170984 16.902984
Veneto 28.028012 28.028012 30.101149

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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